Kun CNC-järjestelmä aktivoituu, halutut leikkaukset ohjelmoidaan ohjelmistoon ja saneletaan vastaaville työkaluille ja koneille, jotka suorittavat mitoitustehtävät määritellyllä tavalla, aivan kuten robotti.
CNC-ohjelmoinnissa numeerisen järjestelmän koodigeneraattori olettaa usein, että mekanismit ovat virheettömiä, huolimatta virheiden mahdollisuudesta, mikä on suurempi aina, kun CNC-kone ohjataan leikkaamaan useampaan kuin yhteen suuntaan samanaikaisesti. Työkalun sijoittaminen numeeriseen ohjausjärjestelmään on hahmoteltu sarjalla, jota kutsutaan osaohjelmaksi.
Numeerisella ohjauskoneella ohjelmat syötetään reikäkorttien kautta. Sitä vastoin CNC-koneiden ohjelmat syötetään tietokoneisiin pienten näppäimistöjen kautta. CNC-ohjelmointi säilyy tietokoneen muistissa. Ohjelmoijat kirjoittavat ja muokkaavat itse koodin. Siksi CNC-järjestelmät tarjoavat paljon laajemman laskentakapasiteetin. Mikä parasta, CNC-järjestelmät eivät suinkaan ole staattisia, koska uudempia kehotteita voidaan lisätä olemassa oleviin ohjelmiin tarkistetun koodin avulla.